近年來，南京工程公司堅持以高水平規劃引領技術先導型工程公司創建，加快推進發展動能轉換，不斷完善技術創新體制機制，進一步暢通從科研成果到生產力轉化的大動脈，打通新技術產業化的“最后一公里”。
規劃引領 機制改革釋放活力
健全創新責任體系。南京工程公司形成以技術委員會為決策層，業務部門為管理層，各基層單位、創新工作室為科技研發和成果轉化應用層的科技創新體系，優化科技創新組織模式，設立公司重點科研任務支持清單。對于承擔的國家和集團公司科技攻關項目、公司關鍵核心技術攻關等專項任務，他們實行“項目長”負責制，挑選精兵強將，組建研發團隊;實施揭榜掛帥制度，研發工作堅持項目化推進。
完善科技創新獎勵激勵機制。根據成果創造與轉化不同階段的特點，該公司建立“關鍵貢獻者優先”的持續激勵制度，落實中長期激勵措施。對于重點研發項目，該公司設置專項經費，實施全周期激勵，提高這一類項目間接費用比例，給“項目長”在人員配置、考核獎勵、經費使用上給予更大權責。他們還建立完善試錯容錯機制，完善研發課題立項機制、運行機制、退出機制。
自主創新 攻堅關鍵核心技術
作為科技創新的主體，該公司在加快推動科技創新體制機制改革的背景下，把解決“卡脖子”技術、關鍵核心技術放在更加突出的重要位置。
該公司自主研發的硫酸低溫熱回收技術是節能增效的典型。每年全國硫酸行業產能1.25億噸，該技術使硫酸裝置的余熱回收率提高20%，噸酸綜合能耗則下降50%以上，實現硫酸低溫熱回收技術的國產化，各項指標達到了國際先進水平。
碳捕集利用與封存(CCUS)技術，被認為是最具市場潛力的前沿減排技術之一。2013年，該公司成立了CCUS工程技術中心，主動參與CCUS技術開發及工程設計，組建研發團隊，先后參與5個方向的技術研發工作。
2021年6月，由南京工程公司承擔設計的中晉太行礦業有限公司30萬噸/年直接還原鐵工業示范裝置產出合格海綿鐵產品。該技術開發出焦爐煤氣干重整制還原氣工藝包并將其工程化，突破了國內不能生產直接還原鐵的瓶頸，同時也為二氧化碳化學轉化利用打下了堅實的基礎。
2021年，采用南京工程公司牽頭、中石化南化研究院有限公司和四川大學聯合開發的二氧化碳礦化脫硫渣關鍵技術，萬噸級二氧化碳礦化脫硫渣工業試驗裝置建成。
人才驅動 營造全員創新氛圍
南京工程公司始終堅持“人才是公司的第一資源”理念，大力實施人才強企工程，建立健全科技人才培養體系，不斷創新科技人才工作機制，將造就高素質人才隊伍、推動人才工作科學發展作為公司可持續高質量發展的重要基礎和戰略支撐。
加強科技人才的引進培養。實施高層次人才引進計劃，尤其對于緊缺人才，實施個性化引才，采取“一事一議，一事一策”的方式，近年設立“優才工作站”，從海內外重點高校吸引研發人才。
逐步擴大專家隊伍規模，形成不同層次的專家梯隊。該公司成立2個首席專家工作室、13個職工(勞模)創新工作室，建立內部“導師制”，通過下達任務書、培養協議，培育了一批業務精通、善于鉆研、專業領域能力突出的中高層級人才。
優化人才發展的環境空間。他們進一步完善人才評價體系，建立健全以創新能力、質量、貢獻為導向的技術人才評價體系，形成更加靈活的人才管理體制，讓更多的技術人才通過創新得到合理回報。
營造全員創新氛圍。他們堅持將開展職工創新活動同培養創新人才、培育創新團隊有機結合起來，鼓勵青年員工積極參與，創新團隊人員構成“老中青”結合，形成了“職工創新積極性高，創新人才進步快，創新團隊成果多”良好局面。
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